با توجه به اهمیت داده‌هایی که میان کاربران و کوبکس منتقل می‌شود، تمامی داده‌های منتقل شده میان کاربران و سرورهای کوبکس، با استفاده از روزآمدترین پروتکل‌های رمزنگاری محافظت می‌شوند. برای اطمینان بیشتر از امنیت تبادل داده‌ها، با استفاده از ویژگی‌های نوین مرورگرها مانند HSTS تمامی تدابیر ضروری برای جلوگیری از نفوذ در سطح سطح پروتکل انتقال انجام شده است. به علاوه با آشنایی با روش‌های نفوذ شناخته شده و پیاده‌سازی پیشگیری‌های لازم، کاربران کوبکس از بسیاری از حملات از جمله POODLE و Heartbleed و WeakDH حفاظت شده‌اند. برای اطمینان از کارایی و سهولت استفاده‌ی کاربران، با به کارگیری تکنولوژی‌هایی از جمله HTTP2 و Session Resumption اطمینان حاصل شده است که تدابیر امنیتی انجام شده تاثیر منفی روی کارایی و سرعت سامانه نداشته باشند و کاربران بتوانند بدون هیچ دغدغه‌ای از امنیت فراهم شده برایشان بهره ببرند.